A carreira profissional de Junior Hernández se estende de 2019 a 2026, um período de cerca de 7 temporadas no qual acumulou 195 partidas. Com 9 gols e 10 assistências registrados nesse intervalo, sua trajetória reflete uma contribuição constante no mais alto nível.
Sua melhor temporada em produção ofensiva foi em 22/23 pelo Deportes Tolima, quando somou 2 gols e 5 assistências em 41 jogos, atuando por 3394 minutos. Essa campanha marcou um dos pontos mais altos de seu desempenho.
Em sua temporada mais recente registrada (25/26) no Deportes Tolima, Junior Hernández disputou 9 partidas, marcando 1 gols e dando 0 assistências.
Entre os marcos de sua trajetória, Junior Hernández ultrapassou a marca de 100 partidas profissionais.