La carrera profesional de Stefanos Martsakis se extiende desde 2014 hasta 2023, un periodo de aproximadamente 9 temporadas en el que ha acumulado 52 partidos repartidos entre 4 clubes. Con 3 goles y 0 asistencias registradas en ese tramo, su trayectoria refleja una contribución sostenida al máximo nivel.
Su mejor temporada en términos de producción ofensiva llegó en 13/14 con el Episkopi, cuando sumó 3 goles y 0 asistencias en 23 partidos, disputando 90 minutos. Esa campaña marcó uno de los puntos más altos de su rendimiento.
En su temporada más reciente registrada (22/23) en el PAE Chania, Stefanos Martsakis disputó 10 partidos, anotando 0 goles y repartiendo 0 asistencias.