La carrera profesional de Muzafer Ejupi se extiende desde 2014 hasta 2020, un periodo de aproximadamente 6 temporadas en el que ha acumulado 143 partidos repartidos entre 3 clubes. Con 51 goles y 0 asistencias registradas en ese tramo, su trayectoria refleja una contribución sostenida al máximo nivel.
Su mejor temporada en términos de producción ofensiva llegó en 15/16 con el Slaven Koprivnica, cuando sumó 19 goles y 0 asistencias en 35 partidos, disputando 2492 minutos. Esa campaña marcó uno de los puntos más altos de su rendimiento.
En su temporada más reciente registrada (19/20) en el Slaven Koprivnica, Muzafer Ejupi disputó 14 partidos, anotando 1 goles y repartiendo 0 asistencias.
Entre los hitos destacados de su trayectoria, Muzafer Ejupi ha superado la barrera de los 100 partidos profesionales y acumula 51 goles en su carrera.