La carrera profesional de Mustafa Aydogdu se extiende desde 2012 hasta 2025, un periodo de aproximadamente 13 temporadas en el que ha acumulado 249 partidos repartidos entre 12 clubes. Con 54 goles y 0 asistencias registradas en ese tramo, su trayectoria refleja una contribución sostenida al máximo nivel.
Su mejor temporada en términos de producción ofensiva llegó en 16/17 con el Batman Petrolspor, cuando sumó 18 goles y 0 asistencias en 64 partidos, disputando 5190 minutos. Esa campaña marcó uno de los puntos más altos de su rendimiento.
En su temporada más reciente registrada (24/25) en el Karaköprü Belediyespor, Mustafa Aydogdu disputó 9 partidos, anotando 0 goles y repartiendo 0 asistencias.
Entre los hitos destacados de su trayectoria, Mustafa Aydogdu ha superado la barrera de los 200 partidos profesionales y acumula 54 goles en su carrera.