La carrera profesional de Juanse Pegalajar se extiende desde 2011 hasta 2025, un periodo de aproximadamente 14 temporadas en el que ha acumulado 120 partidos repartidos entre 3 clubes. Con 14 goles y 0 asistencias registradas en ese tramo, su trayectoria refleja una contribución sostenida al máximo nivel.
Su mejor temporada en términos de producción ofensiva llegó en 24/25 con el Atlético Porcuna, cuando sumó 7 goles y 0 asistencias en 12 partidos, disputando 176 minutos. Esa campaña marcó uno de los puntos más altos de su rendimiento.
En su temporada más reciente registrada (24/25) en el Atlético Porcuna, Juanse Pegalajar disputó 12 partidos, anotando 7 goles y repartiendo 0 asistencias.
Entre los hitos destacados de su trayectoria, Juanse Pegalajar ha superado la barrera de los 100 partidos profesionales.