La carrera profesional de César Noé Flores se extiende desde 2013 hasta 2026, un periodo de aproximadamente 13 temporadas en el que ha acumulado 139 partidos repartidos entre 5 clubes. Con 21 goles y 0 asistencias registradas en ese tramo, su trayectoria refleja una contribución sostenida al máximo nivel.
Su mejor temporada en términos de producción ofensiva llegó en 22/23 con el Santa Tecla, cuando sumó 11 goles y 0 asistencias en 33 partidos, disputando 2801 minutos. Esa campaña marcó uno de los puntos más altos de su rendimiento.
En su temporada más reciente registrada (25/26) en el Hércules, César Noé Flores disputó 4 partidos, anotando 3 goles y repartiendo 0 asistencias.
Entre los hitos destacados de su trayectoria, César Noé Flores ha superado la barrera de los 100 partidos profesionales.