La carrera profesional de Marcos Melgarejo se extiende desde 2009 hasta 2018, un periodo de aproximadamente 9 temporadas en el que ha acumulado 220 partidos repartidos entre 4 clubes. Con 47 goles y 0 asistencias registradas en ese tramo, su trayectoria refleja una contribución sostenida al máximo nivel.
Su mejor temporada en términos de producción ofensiva llegó en 10/11 con el Nacional Asunción, cuando sumó 12 goles y 0 asistencias en 64 partidos, disputando 2931 minutos. Esa campaña marcó uno de los puntos más altos de su rendimiento.
En su temporada más reciente registrada (17/18) en el Deportivo Capiatá, Marcos Melgarejo disputó 6 partidos, anotando 0 goles y repartiendo 0 asistencias.
Entre los hitos destacados de su trayectoria, Marcos Melgarejo ha superado la barrera de los 200 partidos profesionales.