A carreira profissional de Rafael Núñez se estende de 2017 a 2025, um período de cerca de 8 temporadas no qual acumulou 104 partidas distribuídos por 2 clubes. Com 11 gols e 0 assistências registrados nesse intervalo, sua trajetória reflete uma contribuição constante no mais alto nível.
Sua melhor temporada em produção ofensiva foi em 17/18 pelo Municipal Liberia, quando somou 5 gols e 0 assistências em 42 jogos, atuando por 3347 minutos. Essa campanha marcou um dos pontos mais altos de seu desempenho.
Em sua temporada mais recente registrada (24/25) no Municipal Liberia, Rafael Núñez disputou 10 partidas, marcando 0 gols e dando 0 assistências.
Entre os marcos de sua trajetória, Rafael Núñez ultrapassou a marca de 100 partidas profissionais.