A carreira profissional de Muzafer Ejupi se estende de 2014 a 2020, um período de cerca de 6 temporadas no qual acumulou 143 partidas distribuídos por 3 clubes. Com 51 gols e 0 assistências registrados nesse intervalo, sua trajetória reflete uma contribuição constante no mais alto nível.
Sua melhor temporada em produção ofensiva foi em 15/16 pelo Slaven Koprivnica, quando somou 19 gols e 0 assistências em 35 jogos, atuando por 2492 minutos. Essa campanha marcou um dos pontos mais altos de seu desempenho.
Em sua temporada mais recente registrada (19/20) no Slaven Koprivnica, Muzafer Ejupi disputou 14 partidas, marcando 1 gols e dando 0 assistências.
Entre os marcos de sua trajetória, Muzafer Ejupi ultrapassou a marca de 100 partidas profissionais e acumula 51 gols na carreira.